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事关农民切身利益的农村税费改革历经４年推行取得阶段性成效，农民为负担普遍减轻约４０％叫好。但也要看到，农民的负担水平依然偏高，配套改革相对滞后，减负的基础还不牢固。必须着力解决改革中的深层次问题，把农村税费改革推向深入。
农民增收困难和粮食生产下滑是当前农业发展的两大难题。数据显示，城乡居民家庭人均收入之比从１９９３年的２．８扩大到２００３年的３．２。２００３年，在城镇居民人均可支配收入同比增长９．３％的同时，农民人均纯收入仅增长４．３％。２０００年以来，粮食耕种面积连年减少，产量一路走低。２００３年全国粮食播种面积由１９９８年的１７亿亩降至１５亿亩以下。深化农村税费改革，减免农业税，同时建立政府对农民的直接补贴制度，可以进一步增加农业投入，减轻农民负担，调动农民积极性。这对促进粮食增产和农民增收，增强我国农业竞争力，保障国家粮食安全，必将发挥重要作用。
深化农村税费改革，有利于合理调整国民收入分配结构，统筹城乡经济社会发展。数据显示，我国农业增加值占ｇｄｐ的比重已经下降到１５％，但还有近６０％的农村人口、５０％的劳动力以农为主。深化农村税费改革，增加财政对农业和农村的转移支付，有利于实现由过去长期以来农业支持工业向工业支持和促进农业转变，发挥城市对乡村的带动作用，推动城乡协调发展。
实践证明，深化农村税费改革涉及到农村生产、分配、土地关系等各个方面，具有艰巨性和复杂性，必须经过进一步深化改革，消除农业和农村发展的体制性障碍，推动乡镇机构、县乡财政体制、农村教育体制等改革，促进村民自治，为农村经济发展和社会进步注入强大动力。
还要看到，深化农村税费改革是一项系统工程，乡镇机构、农村义务教育、县乡财政体制等配套改革，是深化农村税费改革的攻坚重点，必须在做好减免农业税工作的同时，积极稳妥地推进配套改革。
从乡镇机构来讲，要进一步转变乡镇政府职能，改革乡镇机构，精简人员，建立精干高效的行政管理体制和运行机制，消除“生之者寡、食之者众”的现象。
在前一阶段的农村税费改革中，农村教育事业得到加强，但目前农村教育总体上仍然薄弱，义务教育保障水平偏低，教学质量不高的问题依然存在，制约着农村教育的健康发展。要通过推进农村义务教育管理体制改革，确保农村教育事业健康发展。
建立和完善覆盖农村的公共财政体制，是深化农村税费改革的重要内容。要以深化农村税费改革为契机，在县乡两级健全公共财政体制，促进城乡经济社会协调发展。
深化农村税费改革，是我国农村一次重大的制度创新和社会变革。必须切实加强对改革的领导，精心组织，确保改革顺利推进，开创农村改革发展稳定的新局面。