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阶段向耐用消费品阶段的转型，二元结构出现了新的特点，由行政主导型二元结构转为市场主导型二元结构和行政主导型二元结构交叉并存。在生活必需品时代，一个城市家庭每个月几十元的收入用来购买的生活必需品大多数是农产品或以农产品为原料的工业品，尽管存在剪刀差，但城市对农村的依赖很重，城里人的大部分收入通过购买生活必需品又流到了农村。而到了耐用消费品时代，城市家庭收入花费在主副食品上的可能只是很少一部分，甚至，2001年城镇居民在购买农产食品方面，人均比1996年的开支还减少了97.5元
。城市大量的花费在于住房、汽车或其他交通的费用、电器、医疗、子女的教育、旅游以及其他的服务等，而这些消费项目，与农村或农民几乎没有什么关系，城里人支出的大部分很难再流到农村去，城市和农村之间出现了一种新的断裂形式--市场主导型的二元结构。这样，在原有的人为以户籍制度为基础的行政主导型二元结构还没有消除之时，又加上了一种由市场因素造就的市场主导型二元结构，使得人为制度因素与经济等自然因素叠加，加剧了二元分割体制。
3、二元体制的缺陷分析。第一，农民的政治权利无法得到平等保障。国家政治生活基本上是对城里人开放，对农民基本上不开放，城市居民对社会和政治生活的参与度要比农民广泛得多。我国宪法第二条规定，中华人民共和国的一切权利属于人民。应该说，农民有平等参与国家管理和服务的权利与义务，然而，由于国家非农意识和偏向城市的政策导向，在二元结构下，农民不仅基本上没有担任国家公职的权利，甚至在体现人民当家作主最突出的选举权和被选举权上，也没有得到平等保障。《全国人民代表大会和地方各级人民代表大会选举法》原来规定，在省级人民代表大
，1978以来仅仅征地一项，农村就损失2万亿元
。市场经济参与的重要主体--劳动力，也处于不能平等竞争的状况。计划经济时期，国家只负责城市非农业人口在城市的就业安置，不允许农村人口进入城市寻找职业。规定城市各单位一律不得私自从农村招工和私自录用流入城市的农民，农业社和农村中的机关、团体也不得私自介绍农民到城市和工矿区找工作，甚至规定招用临时工必须尽量在当地城市中招用，不足的时候，才可以从农村中招用。改革开放以后，农民流动相对容易，但一些大城市却为了保护市民的既得利益，又制定了种种限制性规定，明确许多职业不许农民工从事，农民工只能从事那些城市人不愿做的、以体力劳动为主的工作，特别是劳动强度大、劳动环境差或具有某种危险性的工作，政府实质上还在继续干预企业的用人自主权。同时，歧视性规定还体现在对进城务工农民进行繁杂收费，加大农民的市场参与费用。第四，阻碍了城乡之间的协调发展。90年代以前，由于发展工业主要靠农业提供积累，把农业拿狠了，农业就掉下来，工业就没有了积累来源，就得被迫进行调整，降低工业速度来扶持农业。这种状况，王建称之为反相位
。90年代以后，工业化的进程基本依靠城市经济或是工业自身的积累进行，不再依靠农业，农业的波动不再像以往那样打断工业化进程，引起对国民经济的全面被迫调整，但农业也因此投入过少，发展迟缓。人口基数庞大的农村，由于可支配收入少，对工业品的需求无法形成有效的市场。中国从1997年开始出现所谓需求紧缩，正是因为农业长期的发展滞后，导致农村潜在的巨大市场和农民现实的缺乏购买力之间存在巨大差距，以致工业生产力无法充分释放，规模无法扩大，经济发展没有活力，经济增长无法加速。
（二）地方政权机关设置不合理加大了农民负担
1、我国的地方政权机关的历史与现状。我国自从秦朝设郡、县、乡三级制以来，两汉和魏晋南北朝基本延续了秦制，隋文帝于开皇十五年(595年)尽罢乡官，只设郡、县两级。唐以后在郡与县之间或郡以上加设或长驻或分巡的一级，而乡里制度却开始由乡官制向职役制转变，宋神宗熙宁三年(1070年)王安石变法，实行保甲制，乡不再作为基层行政区域，县成为了基层行政区域，直到清代灭亡。纵观历史，实行四级制的时间极短，而且多会加剧动乱。在国外，包括一些大国，一般都是三级政府。1982年宪法规定我国的地方政权机关为三级或四级，相应设立人民代表大会和人民政府，县级以上各级人民代表大会设立常务委员会。立法时的实际情况是，在农村地区省级与县级之间一般设置行署（地区），作为省政府的派驻机构，不是一级政权机关，不设人民代表大会，在部分民族自治地区设立自治州，作为一级政权机关，设立人民代表大会。一般设区的市不管辖县、自治县。所以从全国范围来看，是三级制占绝大多数。80年代中期以后，全国范围兴起撤地（行署）建市和地（行署）市合并，由于设区的市越来越多，市辖县越来越普遍，从而形成了事实上四级制占绝大多数的局面。即：省（自治区、直辖市）、自治州（设区的市）、县（自治县、市辖区）、乡（民族乡、镇）四级政权体制，1995年第三次修正的《地方各级人民代表大会和地方各级人民政府组织法》对这种四级制进行了确认和强化。按照1998年修正的《村民委员会组织法》规定，村民委员会是村民自我管理、自我教育、自我服务的基层群众性自治组织，不是一级政权机关，然而，村民委员必须协助乡、民族乡、镇的人民政府开展工作，其成员（3至7人）根据情况，可以给予适当补贴，这样，村民委员会事实上处于半级政权状态。三是导致人员膨胀，加重财政负担。层级过多，权利的分配界限就无法清晰，协调的工作量就少不了。层级多，管理的幅度就小，管人的人占的比例就大。我国行政人员过多，层级太多是一个重要原因。改革开放以后，人员膨胀速度反而加快。人民公社时期1个公社还只有1个正乡级，现在至少有3到4个。2001年，我国乡镇数量为39715个乡镇，乡镇一级由财政供养的人员编制共有1280多万人，其中党政干部多达140万人，平均每个乡镇党政干部为35人，但事实上编制是一回事，实际人员是一回事，两者相差巨大，部分发达地区镇级单位达到800-1000人
。甚至出现过一个乡有47个副乡长
，一个镇有52个副镇（科）级领导干部的情况
。
地方政权机关设置的缺陷，客观上为上级争利卸责提供了条件，使得县、乡承担的事权远远大于财权，县、乡政权事实上缺乏承担全部事权的经济基础，在上级考核检查的压力下，为筹集行政管理费用，只得采取过度提取小农经济有限剩余的办法，而有限剩余使得提取效率低下，反过来又导致人员的增加，人员开支加大，造成恶性循环，加重三农负担，也导致农村公共物品供应长期严重缺乏。